San Juan Atenco fue fundado por grupos nahuas en la época prehispánica. Creado municipio libre el 24 de septiembre 1932, con Localidades segregadas al Municipio de Aljojuca. Anteriormente su territorio pertenecía al antiguo Distrito de Chalchicomula. La cabecera municipal es el pueblo de San Juan Atenco.
El Presidente Municipal Edgar Fernando Medina Vargas realizo en compañía de su H. Ayuntamiento un merecido homenaje a Emilio Pérez Arcos depositando una ofrenda floral en el panteón donde descansan sus restos y posteriormente una ceremonia frente al Palacio Municipal con la presencia de niños y niñas de las escuelas de San Juan Atenco y Madres de familia donde se recordó al escritor, periodista y filántropo Emilio Pérez Arcos en su mensaje el Presidente Municipal menciono al hijo predilecto de San Juan Atenco por su gran contribución y apoyo a la región gracias a Emilio Pérez Arcos se logro que la carretera pasara por Atenco y muchas obras realizo en beneficio de la gente de la región del Valle de Ciudad Serdán. 
Aquí algunas anécdotas de las personas que convivieron con Emilio Pérez Arcos:
En una de las callejuelas de Ciudad Serdán tuve la fortuna de encontrarme con un personaje que satisfizo plenamente mi curiosidad de aprender y comprender las enseñanzas del viejo San Andrés Chalchicomula: Emilio Pérez Arcos, periodista y escritor, auténtico hombre de la región que prodigó sus conocimientos sobre esta su tierra adoptiva. En ese encuentro imaginario, él me fue informado con palabra llana y sencilla la historia de esta región. Me habló de las personas ilustres, de los monumentos arqueológicos, arquitectónicos, escultóricos, de los pintores y escritores de épocas pasadas y recientes, etcétera.
En una de nuestras conversaciones el maestro Pérez Arcos me dijo: «San Andrés Chalchicomula tiene dos presencias siderales, dos estrellas que le señalan, marcan e iluminan la ruta de la superación y el desarrollo: Citlaltépetl y Quetzalcóatl, quienes, unidos en la cima de la montaña, le indican, además, cómo ascender a su propia montaña interior».
El maestro Pérez Arcos señala: «en las estribaciones del Citlaltépetl o Pico de Orizaba tienen su origen los manantiales que surten del preciado líquido a San Andrés Chalchicomula, pero para cubrir la distancia que los separa de la ciudad, se hizo necesario construir un extenso acueducto, el cual a unos ocho kilómetros de la población tuvo que salvar una ancha hondonada por medio de una arquería. Esta obra que llevaron a cabo los beneméritos frailes franciscanos consiste en dos órdenes de arcos superpuestos de muy recia mampostería (de la obra Los Acueductos de México en la historia y en el arte, del escritor Manuel Romero de Terreros)».
Cada 7 de amrzo se cumple un aniversario luctuoso de Emilio Pérez Arcos por lo que el Ayuntamiento de San Juan Atenco realizo un emotiva ceremonia para recordar a tan ilustre Personaje de San Juan Atenco.
